בראשית
עוד בשנות ה-30 למאה הקודמת נעשו ניסיונות לקניית אדמות בנגב. בהוראת הסוכנות, נסיונות אלה פסקו מאחר ולא היה נראה כי בעתיד הקרוב ימומשו אדמות הנקנות בנגב ומירב תשומת הלב עברה צפונה. כשפרצה מלחמת העולם השנייה ושהיה ברור שגורל יהדות אירופה לא יהיה כשהיה, נפלה החלטה בסוכנות לבדוק קרקעות עתידיות בנגב להתיישבות. על הקק"ל הוטלה המלאכה ואחרי זמן מה הוברר, כי המישור מאזור צומת ביר עסלוג' ועד רפה (רפיח) יכול לענות על צרכי המצב - לימוד והכרת תנאי הקרקע והאקלים לקראת פיתוח חקלאות והקמת ישובים בעתיד.
בדיקה מעמיקה הביאה בסופו של דבר להחלטה להעלות תחנות ניסיון ולא ישובים באזורים מוגדרים: בקעת באר שבע (בית אשל), אזור הדום ההר (רביבים) ואזור החולות (גבולות). אחרי עלית המצפים תפקידם היה בין היתר, שמירה על הקרקע שנרכשה. יוסף וייץ (יו"ר דירקטוריון הקק"ל בתקופה זו) אבי תוכנית המצפים, ראה בניסיון זה גם מבחן פוליטי ליחסם של הבריטים להתיישבות רבתי בנגב, על רקע "חוק הקרקעות" מ 1939 הוא "הספר הלבן".
השם מצפה נגזר מהשורש צפה, וכוונה הייתה לחלוצים היורדים דרומה וצופים במרחבים, בגידולים (ואפילו אחד בשני). המונח מצפות המתייחס לצורת הרבים של המצפה היחיד, מופיע ברשומות אותה תקופה למרות שדקדוקית מונח מוטעה הוא.
בליל ה-12 למאי 1943 יצאה פלוגת המתיישבים הראשונה לנגב. שנים-עשר חברים בהם חקלאים, טרקטוריסטים, אנשי בטחון ודוברי ערבית. דרך כביש החוף הגיעו לעזה ומשם לחאן-יונס. קצת דרומה משם פנו מזרחה דרך החולות, שוקעים דוחפים ושוב שוקעים. שעה ארכה הדרך עד שעצרו בחלקת "אבו זבורה" שנקנתה עבורם ע"י איש הקק"ל עשהאל צוקרמן. חיש נפרקו האוהלים שאר הכלים והציוד. עתה התפנו להקים סככת צל לאורחים. ברור היה שאלה לא יאחרו לבוא. ואכן, עוד בטרם הספיקו לנעוץ את עמודי הסככה, וכבר עמדו מסביבם בדווים והתחילו אלה לסייע בהקמת הסככה. מיד נשלף הציוד הדרוש לשפיתת הקפה, וכבר נמזג פינג'אן ראשון של קפה מר לאורחים שהחלו נוהרים ל"מדאפה אל-יֶהוד" (חדר האירוח של היהודים)... כך קם מצפה גבולות - חלוץ המצפים בנגב. בעקבותיו עלו מצפה רביבים ומצפה בית אשל.
המצפה הוקם ע"י חברי השומר הצעיר קיבוץ ארץ ישראל ג' (אשר ישבו בראשון לציון), ב- 1946 הועברו לאזור אשדוד והקימו את קיבוץ חצור. תקופה קצרה ישבו במצפה אנשי גדוד ניר שעלו בליל 11 הנקודות לדנגור והקימו את קיבוץ נירים, אחריהם החזיקו מספר שבועות אנשי יחיעם (לפני עליתם על הקרקע). את הללו החליפו חברי קיבוץ אלמגור, אשר ישבו בפתח-תקווה וקיבלו את השם גבולות. קבוצה בת 10 חברים, שחלקם מתגורר עדין היום בגבולות הגיעה למקום בנובמבר 1946.
אחת הבעיות המלוות את המתיישבים מיום הקמת המצפה ועד היום היא בעיית המים. במרכז החצר נחפרה באר, אך המים היו מלוחים 1700 - 12000 מיליגרם כלור לליטר, מים לא ראויים לשימוש. בתקופה הראשונה הובאו מים מן הכפר הבדואי רואייבה (המרוחק מגבולות 6-5 ק"מ). נסעו שמה עם עגלה ומיכל מים שנפחו מטר מעוקב. פרידה סובבה את גלגל הבאר וכך במשך כמה שעות היו ממלאים את המיכל. לאחר מכן נעשה ניסיון לאגירת מי גשמים במצפה. מחוץ לחצר הפנימית, על שטח של 3 דונם נבנו 3 משטחים בשיפוע קל וכוסו בזפת. תפקידם היה לרכז את מי הגשמים אל תוך שלוש בריכות בטון תת קרקעיות ולבריכה פתוחה הצמודה אליהם. לתוכה נקוו מי הגשם הראשון, אשר ניקו את המשטחים. 100 עד 130 מ"מ גשם הספיקו למלא את הבריכות. המים שימשו לשתייה ובחלקם, בתוספת מי ביוב, שימשו להשקיית המטע הניסיוני שהורכב ממינים שונים של עצי פרי. ההשקיה נעשתה מדליים אל גומות. כמו כן, הובאו אחת לכמה ימים מים, במשאית מיד מרדכי דרך עזה, חאן יונס ורפיח. בשנת 1947 הניחה מקורות את צינור המים הראשון לנגב מאזור השאיבה בניר-עם אל דנגור דרך גבולות (הסניף המערבי). חלקות גידולי הניסיון הקיפו את המצפה: זני דגן שונים, גן ירק, מטע עצי פרי, מטע עצי מחט, מטע אגבות וכמובן מקשת אבטיחים.
היות והתחבורה עם מרכז הארץ הייתה נדירה, הוחלט כי את מבני הקבע במצפים יבנו מחומר מקומי. ברביבים ובבית אשל מצאו אבן גיר. בגבולות לא נמצאה אבן גיר ולכן הוחלט לבנות את מבני המצפה והחומה המקיפה אותו מחומר מקומי, 'אדובה' (לבני בוץ מאדמת הלס המקומית), כשבית הביטחון נבנה מבלוקים שהגיעו ממרכז הארץ.
ג'ארב קריבכ (שכנך קרובך): אחת ממטרות המצפה הייתה גם קשירת יחסי שכנות טובה עם האוכלוסייה הבדווית בנגב. היה משהו יוצא דופן בהתיישבות היהודית בנגב, לעומת אזורים אחרים. עד אותה תקופה לא הכירו תושבי האזור את היהודי, ולא ידעו כיצד יש להתייחס לנוכחותו. היישובים שהוקמו אמנם הסתגרו מאחורי גידרות תיל, אך ניתנה לשכנים האפשרות לבוא ולבקר, ללגום כוס קפה במדאפה, לפטפט קצת ולהעביר רכילות מפה לשם. עד מהרה גילו הבדווים שאפשר להפיק תועלת מעשית מיחסים עם השכנים היהודים, והם לא ראו בה איום עליהם או ניסיון לדחוק רגליהם ולנשלם. על כך יעיד סיפורו של הרופא ד"ר ישראל דיאמנט, שהתנדב מטעם קופת חולים להיות עם אנשי המצפה אחרי העלייה ל-11 הנקודות (מוצאי יום כיפור 1946), ולמעשה שימש כרופאם העיקרי של הבדווים ונחשב בעיניהם כאלוהים. שמו יצא לתהילה ברחבי הנגב. התשלום עבור הטיפול היה על פי רוב, ארגז פירות וירקות או תרנגולת יפת מראה.
במלחמת העצמאות שכנה במצפה מפקדת הגדוד
השמיני והתשיעי של הפלמ"ח (בפיקודו של חיים בר לב), במקום הוקמה מאפייה אשר
סיפקה לחם לנגב הנצור, ונחפר בית חולים שדה תת קרקעי.
עם תום המלחמה, הוקם לצרכי פרנסה מפעל לעיבוד וליטוש יהלומים (משוחזר באתר). מאוחר
יותר בנו חברי הקיבוץ את ביתם צפונית למצפה. על בסיס הניסיון המצטבר שנרכש במקום,
פיתחו משק חקלאי מבוסס. כיום מתפרנס הקיבוץ מתאגיד חקלאי גדול בשיתוף עם קיבוץ
צאלים - "גד"ש חלוצה", תאגיד רפת גדולה משותף עם קיבוץ מגן -
"רפת הנגב", לול, מפעל לפולימרים, תאגיד תיירות גדול ובית-ספר
למחשבים. המצפה ננטש ושיני הזמן נתנו אותותיהם במבנים. בשנת 1996 בשיתוף
הקק"ל, המועצה לשימור מבנים ואתרי התיישבות וגופים נוספים, שוקם האתר.
בשנת 1982 הוכרז המצפה כ"אתר לאומי".